Plaza de San Diego
Del interior, donde se mezclan con armonía patios del más puro Renacimiento Clasicista con la sunutosidad del Herreriano de Juan Gómez de Mora, sobre todo hay que destacar la Capilla de San Ildenfonso y el Paraninfo. La Capilla de San Ildefonso sorprende por su arquitectura Mudéjar, que nos lleva a sentir la mezcla de las culturas monoteístas musulmana, judia y cristiana. Los artesonados mudéjares maravillan por su sobriedad y recogimiento, por sus dimensiones y por el saber que en su elaboración se demostró al no utilizar ningún elemento de unión entre las piezas. Pese a todo, han conseguido pervivir cinco siglos sin ninguna restauración. En el Presbiterio de la capilla destaca el bello sepulcro del fundador de la Universidad, el Cardenal Cisneros, en el que se mezclan el Gótico de Domenico Fancelli con el renacimiento de Bartolomé Ordoñez, siendo en el momento de la elaboración el sepulcro más costoso de la historia de España.
Como curiosidades hay que señalar que el seplulcro de Cisneros está orientado hacia el altar, privilegio de los eclesiásticos que los Reyes Católicos no tuvieron en la Capilla Real de Granada, y la faz del Cardenal hecha con su máscara funeraria, siendo su retrato más fiel. El Paraninfo que sorprende más que ningún otro lugar de Alcalá por su belleza y esplendor, condensa, como la capilla de San Ildefonso, la mezcla de culturas a través de su tradición mudéjar y sirve de marco al Aula Magna de la Universidad de Alcalá. En las paredes aparecen nombres de ilustres profesores y estudiantes que pasaron por el alma mater alcalaína. Hoy en día es el lugar donde los Reyes de España entregan cada 23 de abril el premio Cervantes de literatura, máximo galardón otorgado a un escritor que ha dado toda su vida por enriquezer la lengua española
Universidad Cisneriana
Si hay un edificio emblemático de la ciudad éste es el Colegio Mayor de San Ildefonso, obra que no
termina en su bella fachada plateresca ideada por Rodrigo Gil de Hontañón.